No ambiente Unix/Linux, a forma de tratamento do número de linhas do Clipper (DOS), não terá efeito, ou seja, a função setmode(43,80) não funciona. Para se obter o mesmo efeito do ambiente DOS, utilize a função FS_SET("setenvir").

Veja no fsman as funções SETMODE() e FS_SET("setenvir").

Problemas com RestScreen()

No DOS a tela é capturada como caracter e Unix/Linux é capturada como imagem. No ambiente Linux/Unix não é possível recuperar parte da tela salva pelo SaveScreen().

Veja no fsman, as restrições das funções SaveScreen() e RestScreen().

Comandos do DOS

Todos os comandos do DOS utilizados nos programas devem ser substituídos por comandos UNIX/LINUX. Exemplo:
run "copy arquivo.dbf c:\copia\arquivo.dbf" deve ser substituído por run "cp arquivo.dbf ../copia/arquivo.dbf"

Note que o comando e as barras do diretório do DOS foram substituídos por comandos e path do Linux.

Bugs e comandos não documentados

O FlagShip aceita somente comandos documentados no Clipper. Exemplo:
  #translate .teste:<cfile> => teste(<cfile>)

Veja que o translate inicia com ponto, e apesar do manual do Clipper dizer que não pode ser usado, este aceita normalmente.

index on DTOS(datacad) to temp
dbseek(date())

Veja no Clipper o registro é localizado, mas no FlagShip não. No FlagShip é obrigado a informar a sintaxe correta dbseek(DTOS(date())).

Comandos novos do Clipper 5.3

Todos os comandos novos do Clipper 5.3, que tratam telas visuais não são suportados, como:

@ get check/list/push/radio/tbrowse
blob
MenuItem Class, TopBarMenu Class, etc.